V souladu s novým Občanským zákoníkem se také mění statut organizace na zapsaný spolek. Pro potřeby práva a obchodu je název organizace doplněn o zkratku značící „zapsaný spolek“, plný název je pak „Junák – český skaut, z. s.“ Výraznou změnou prošly i stanovy spolku. Ty se dotknou zejména provozních záležitostí Junáka a jeho dílčích organizačních jednotek (nově pobočných spolků), skautských středisek, kterých je v organizaci na pět stovek. Všem těmto pobočným spolkům se název mění stejným způsobem. Samotných skautských oddílů pak v republice působí přes dva tisíce.
Název obsahující slova „junák“ i „skaut“ vede veřejnost někdy k přesvědčení, že se jedná o dvě organizace. Není tomu tak, jedná se o synonyma. Junák je v dnešní době používán jako pojmenování organizace, zatímco jejími členy jsou skautky a skauti.
„Změna názvu organizace se dotkne zejména oficiálních a formálních záležitostí. Veřejnost nás vnímá především jako skauty a skautky, a na tom se nic nemění. Ani na tom, že skauting nabízí tisícovkám děvčat a chlapců partu kamarádů, pobyt přírodě nebo dobrodružství na táboře,“ komentuje změnu názvu starosta Junáka – českého skauta Josef Výprachtický.
Termín „junák“ vybral jako ekvivalent anglického slova „skaut“ sám zakladatel skautingu u nás Antonín Benjamín Svojsík, ještě v dobách Rakousko-Uherska na podtržení české identity v tehdejší mnohonárodnostní monarchii. Po celou dobu existence českého skautingu se pak oba termíny používaly souběžně.
Název organizační jednotky číslo 320, Plzeňského kraje, je nově „Junák – český skaut, Plzeňský kraj, z. s.„